El origen de CIFEMAT tuvo sus fundamentos históricos en una colaboración estrecha que se dio entre el Centro de Investigaciones Matemáticas y Metamatemáticas de la Universidad de Costa Rica y la Escuela de Matemática de la Universidad Nacional entre los años 2001-2009.
Académicos de otras entidades se sumaron a los propósitos de colaboración inter-institucional: la Universidad Estatal a Distancia, la Sede de Occidente de la Universidad de Costa Rica, y dependencias del Ministerio de Educación Pública.
Es así como en el 2007 se creó un Programa interinstitucional para potenciar los esfuerzos que individualmente se realizaban en estas instituciones.
Desde 2011 el programa se denomina Centro de Investigación y Formación en Educación Matemática CIFEMAT.
Desde un principio, en el 2011, el CIFEMAT estableció lazos formales de colaboración con el Comité Interamericano de Educación Matemática CIAEM, fundado en 1961, una organización afiliada a la International Commission on Mathematical Instruction ICMI.
Entre el 2012 y 2022 se asoció con el Proyecto Reforma de la Educación Matemática en Costa Rica del Ministerio de Educación Pública (MEP) de Costa Rica. Este proyecto desde 2022 se denomina Proyecto Reforma Matemática y no está asociado ya al MEP.
Y desde 2012 estableció una relación estratégica con la Red de Educación Matemática de América Central y El Caribe que se creó en ese mismo año.